Márquez saiu para a Q2 decidido a fazer a sua marca no G P do Japão, onde nunca tinha feito a pole, mas nos primeiros minutos seria Jack Miller a fazer a dianteira na Ducati da Pramac… A 9 minutos do final, Márquez chegava à frente com Morbidelli e Quartararo nos lugares seguintes, quando Miller chegou de novo à frente.
Márquez, porém, estava de novo numa classe aparte, o seu 1:45.794 deixando tudo e todos sem resposta até à fase de trocar de pneus nos 6 minutos finais.
Parecia uma Ducati na fila da frente, mas mais uma vez, não uma das oficiais, e com Viñales 9º e Rossi 11º, as Yamaha oficiais estavam mais uma vez em dificuldades.
Agora, a 3 minutos do final, Quartararo começa a sua carga e salta para segundo, com Viñales a fazer o mesmo logo a seguir e Petrucci a tentar saltar de 9º com uma volta rápida de repente, mas em vez dele é Morbidelli que vem para a primeira fila ao lado de Márquez e Viñales.
Quando a bandeira é mostrada, 4 pilotos podem ainda fazer a pole, Crutchlow, Márquez, Quartararo e Morbidelli e acabam por ser as Yamaha da Petronas a juntar-se à Honda Repsol na primeira fila.
MotoGP, Q2, Top 10
| 1 | 93 | M. Marquez | 1:45.763 |
| 2 | 21 | F. Morbidelli | +0.132 |
| 3 | 20 | F. Quartararo | +0.181 |
| 4 | 12 | M. Viñales | +0.327 |
| 5 | 35 | C. Crutchlow | +0.426 |
| 6 | 43 | J. Miller | +0.574 |
| 7 | 4 | A. Dovizioso | +0.647 |
| 8 | 9 | D. Petrucci | +0.664 |
| 9 | 41 | A. Espargaro | +0.795 |
| 10 | 46 | V. Rossi | +0.795 |
