Inesperadamente, a chuva parou em Motegi para as sessões da tarde, mas as Moto3 ainda foram para a pista na Q1 com o traçado muito molhado…
Só 4 pilotos passariam à Q2 a seguir, e os primeiros a salientarem-se foram Yurchenko, Lopez, Garcia e Fenati… Yurchenko estava muito rápido e parecia ir liderar a tabela, mas uma queda por excesso de entusiasmo pôs fim a isso, deixando Lopez à frente, enquanto Antonelli vinha tirar Fenati dos primeiros 4 a 5 minutos do fim…
Pouco depois, era Masia a bater o tempo do caído Yurchenko, e com uma carga de Yamanaka, Fenati já estava em 8º…
As condições sem chuva pareciam ainda mais traiçoeiras, com Tom Booth Amos e Jauma Masia a cair mesmo à bandeira, acabando por ser Antonelli, Lopez, Sergio Garcia e Masia os qualificados, mas Yurchenko voltava à carga e retira Masia, que perdera os últimos segundos com a sua queda, da qualificação.
Yamanaka, Nepa, Fenati, Oncu e Masaki completaram o Top 10.
