Parecia que Pedro Acosta e Raul Fernandez tinham o melhor ritmo no Q1, mas na última volta os espanhóis foram ultrapassados por dois italianos. Luca Marini e Franco Morbidelli foram ainda mais rápidos.
Raramente uma sessão de qualificação de MotoGP foi tão disputada. Na sexta-feira, Pedro Acosta tinha falhado a qualificação para o Q2, ficando meio segundo atrás. Como nenhum piloto da KTM conseguiu garantir a vaga para o Q2, uma moto da Mattighofen foi considerada uma forte candidata para o curto Q1. Também bem posicionados no FP2 estavam o piloto da Honda, Joan Mir, e o piloto da Tech3 KTM, Maverick Vinales.
Os 12 pilotos da MotoGP entraram na emocionante sessão em condições difíceis. O primeiro tempo de referência foi do piloto da Trackhouse, Raul Fernandez, uma grande surpresa. O espanhol cruzou a linha mais rápido que Maverick Vinales e Pedro Acosta na sua primeira tentativa. Na segunda volta rápida, o jovem Acosta melhorou e marcou um novo melhor tempo; atrás dele Joan Mir ficou em segundo lugar, à frente de Fernandez, Morbidelli e Marini.
Devido ao tempo de volta de quase dois minutos, os pilotos tiveram uma volta a menos em Silverstone para atingir o desempenho máximo em 15 minutos. Os curtos pit stops para trocar o pneu traseiro foram igualmente agitados. Quando o pelotão regressou à pista cinco minutos antes do final do Q1, a rápida dúzia tinha mais duas voltas restantes.
Fernandez foi mais uma vez quem teve melhor foco e voltou ao jogo na segunda posição. Mas atrás do piloto da Aprilia as coisas estavam ainda mais quentes. Luca Marini e Franco Morbidelli chegaram ao topo. Na última volta, Joan Mir estava a caminho do tempo mais rápido, mas perdeu o Q1 por 0,023 segundos. Isso significou que o companheiro de equipa Marini e o piloto da VR46 Morbidelli avançaram para o Q2.
Raul Fernandez caiu para a sexta posição, atrás de Mir, Acosta e Oliveira. Grande frustração na KTM. Viñales teve que estacionar a sua moto devido a um problema, e com Acosta, a melhor RC16 só largou na 14ª posição. A lanterna vermelha foi para o piloto da LCR, Chantra.
