A Q2 de MotoGP em Motegi ficou marcada pela pole de Jorge Martín, que levou a melhor numa sessão extremamente equilibrada. O piloto da Aprilia registou 1’42.371, deixando Marc Márquez a apenas 0,110s e Pedro Acosta a 0,122s. Marco Bezzecchi também esteve na luta, terminando em quarto a 0,159s, enquanto Álex Márquez fechou o top cinco.
Di Giannantonio foi sexto, à frente de Enea Bastianini, com Raúl Fernández a garantir a oitava posição. Diogo Moreira voltou a mostrar competitividade e colocou a Honda em nono, enquanto Johann Zarco completou os dez primeiros. Ai Ogura, depois de ter passado pela Q1, terminou em 11.º, com Fabio Quartararo a fechar a classificação da Q2. A sessão confirma o equilíbrio na frente, com os quatro primeiros separados por apenas 0,159s.
| Pos. | Num. | Piloto | Tempo |
|---|---|---|---|
| 1 | 89 | Jorge Martín | 1’42.371 |
| 2 | 93 | Marc Márquez | +0,110 |
| 3 | 37 | Pedro Acosta | +0,122 |
| 4 | 72 | Marco Bezzecchi | +0,159 |
| 5 | 73 | Álex Márquez | +0,175 |
| 6 | 49 | Fabio Di Giannantonio | +0,257 |
| 7 | 23 | Enea Bastianini | +0,298 |
| 8 | 25 | Raúl Fernández | +0,370 |
| 9 | 11 | Diogo Moreira | +0,545 |
| 10 | 5 | Johann Zarco | +0,547 |
| 11 | 79 | Ai Ogura | +0,562 |
| 12 | 20 | Fabio Quartararo | +0,688 |
