O piloto da Aspar Mahindra bisou em 2016 ao levar a melhor no GP da Malásia em Sepang. Numa corrida disputada com piso seco e marcada novamente por muitas quedas, Bagnaia aproveitou da melhor forma a queda coletiva na fase inicial do grupo que liderava a corrida e era composto por Brad Binder, Lorenzo Dalla Porta e Joan Mir.
Após esse incidente Francesco Bagnaia assumiu o comando e não mais o largou. Desta forma o piloto italiano colocou um ponto final numa sequência de provas difíceis, pois nos últimos seis Grandes Prémios apenas havia pontuado em dois. Esta foi também a segunda vitória da Mahindra no Mundial.
Alheio também aos diversos incidentes ficou Jakub Kornfeil, que ao ficar com o segundo posto garantiu o primeiro pódio do ano. O estreante Bo Bendsneyder completou o pódio depois de ter sido superado por Kornfeil na luta pelo segundo lugar. Desta forma três construtores diferentes marcaram presença no pódio: Mahindra, Honda e KTM.
Seguiram-se os dois homens da Leopard, Fabio Quartararo, que igualou o melhor resultado esta época, e Andrea Locatelli. Já o novo campeão do Mundo, Brad Binder, ficou pela segunda vez em branco na temporada ao terminar no 17º lugar. O piloto sul-africano foi mesmo o último a ficar classificado e cruzou a linha de meta com a sua KTM sem carenagem, fruta da queda sofrida quando discutia as primeiras posições.
Nota ainda para o facto da corrida ter terminado mais cedo devido ao incidente entre María Herrera, que fraturou a clavícula direita, e Livio Loi, que levou à exibição da bandeira vermelha. Como já tinham disputados dois terços da prova a classificação final foi ordenada com base no posicionamento que existia aquando da volta anterior a última a ser completa.
