Luca Marini (Mooney VR46 Ducati) foi o piloto mais rápido da primeira qualificação do Grande Prémio da Indonésia de MotoGP. O espanhol estabeleceu a melhor volta do Q1 em 10:30.383 minutos, com Enea Bastianini (Lenovo Ducati) a conseguir o segundo lugar a 144 milésimas, despojando assim Pecco Bagnaia do acesso ao Q2.
A 6 minutos do final da primeira qualificação, Johann Zarco (Pramac Ducati) e Franco Morbidelli (Yamaha) estavam no topo dos tempos. Pecco Bagnaia esforçava-se com a Ducati para entrar no Q2, mas estava em terceiro a 170 milésimos do mais rápido. A 2 minutos do final o líder do mundial subia a primeiro, batendo Zarco por 87 milésimos. No derradeiro minuto definiam-se as posições, primeiro com Luca Marini a subir a primeiro com uma volta de 1:30.383 segundos, depois com Enea Bastianini a subir a segundo, tirando assim Pecco Bagnaia para fora do Q2.
Fora da segunda qualificação ficavam também Zarco, Morbidelli, Pol Espargaró e Raul Fernandez, entre outros.
