Chegada a hora da qualificação, dominou a Ducati. Francesco Bagnaia vai partir da pole position para o Grande Prémio de Aragão, ficando à frente do seu atual e do seu futuro colega de equipa.
Pecco rodou em 1:46.069 minutos, estabelecendo um novo recorde do circuito, batendo Jack Miller por 90 milésimos e Enea Bastianini (Gresini), que chegou a ter a pole provisória, por 244 milésimos. Estes três estiveram numa classe superior aos restantes, com os outros pilotos já a mais de meio segundo de Bagnaia.
Aleix Espargaró (Aprilia) optou por uma estratégia diferente e conseguiu sair com o quarto lugar. O espanhol fez a primeira volta da sessão e depois ficou à espera na box, vindo para a pista quando todos os outros regressaram. Assim, Espargaró fez a sua volta sozinho e ficou a 521 milésimos de Bagnaia, abrindo a segunda linha da grelha, à frente de Johann Zarco (Pramac) e de Fabio Quartararo (Yamaha).
O francês teve uma qualificação difícil, voltando a sofrer do mal que já se tinha notado na quarta sessão de treinos livres, ganhando nos primeiros três setores e perdendo muito no último. El Diablo terminou a 733 milésimos de Pecco, partindo à frente de Marco Bezzecchi (VR46), Jorge Martín (Pramac), Álex Rins (Suzuki) e Brad Binder (KTM).
Em relação ao outro piloto da KTM, Miguel Oliveira foi apenas 11.º classificado, acabando por não confirmar totalmente as expetativas que recaíam sobre si após o trabalho efetuado nas quatro primeiras sessões de treinos livres. Oliveira fez a sua melhor volta em 1:47.183 minutos, a 1.114 segundos do polesitter (foi mesmo a sessão em que ficou mais longe do primeiro classificado este fim de semana). Takaaki Nakagami (LCR) foi 12.º e vai partir atrás do português.
