Gabriel Rodrigo vai partir de primeiro em Motegi entre os pilotos da Moto3. O piloto argentino foi o mais rápido na qualificação, tendo feito a sua melhor volta já após o fim do tempo. Rodrigo conquistou a sua primeira pole position da temporada e a terceira da carreira.
John McPhee vai arrancar de segundo, com Marco Bezzecchi a fechar a primeira linha da grelha de partida do Grande Prémio do Japão. O piloto italiano esteve grande parte da sessão no primeiro posto, mas nos últimos 12 minutos caiu para terceiro.
O líder do campeonato, Jorge Martin, abre a segunda fila, tendo a seu lado Darryn Binder e Enea Bastianini. O terceiro colocado no campeonato, Fabio Di Giannantonio sairá apenas na 15ª posição.
