Como vimos, depois de uma carreira de sucesso nas motos, Surtees foi o único piloto da história a conseguir ser campeão mundial de Fórmula 1. Estava-se em 1966 e Surtees era o principal piloto da Ferrari, ou pelo menos, acreditava ser.
Nesse ano, em que Henri Ford montou o seu ataque à Europa com o GT40, devido a greves em Itália, a Ferrari só pode entrar com apenas dois Ferrari P3s para as 24 Horas de Le Mans de 1966, em vez da sua equipa habitual de três protótipos. A incerteza e a confusão rodeiam os acontecimentos subsequentes e a Ferrari afirma que, segundo as regras de Le Mans em 1966, cada carro só tinha direito a dois condutores.
Fosse como fosse, Surtees foi omitido da formação de pilotos com um Ferrari a ser conduzido por Mike Parkes e Ludovico Scarfiotti, e o outro por Jean Guichet e Lorenzo Bandini. Quando Surtees questionou o team manager da Ferrari, Eugenio Dragoni, sobre o porquê de, como piloto mais rápido da Ferrari, não poder competir, Dragoni disse a Surtees que não sentia que ele estivesse apto a conduzir numa corrida de resistência de 24 horas devido às lesões que tinha sofrido no final de 1965.
Surtees tinha uma versão diferente: Dragoni insistiu que Scarfiotti alinhasse em vez dele para agradar ao presidente da Fiat, Gianni Agnelli, que era seu tio. De qualquer forma, a decisão e subsequente falta de apoio do próprio Enzo Ferrari enraiveceram Surtees, que imediatamente abandonou a equipa. Essa decisão custou tanto à Ferrari como a Surtees o Campeonato de Fórmula 1 em 1966. A Ferrari terminou em segundo lugar atrás da Brabham-Repco no Campeonato de Construtores e Surtees terminou em segundo lugar atrás de Jack Brabham no Campeonato de Pilotos.Surtees terminou a temporada dirigindo para a equipa Cooper-Maserati, ainda vencendo a última corrida da temporada.
Surtees competiu depois com um T70 na temporada inaugural da Can-Am de 1966, vencendo três corridas de seis para se sagrar campeão contra nomes como Dan Gurney (Lola), Mark Donohue (Lola) e Phil Hill (Chaparral), bem como Bruce McLaren e Chris Amon (ambos em McLaren).
Em Dezembro de 1966, Surtees assinou pela Honda. Depois de um promissor terceiro lugar na primeira corrida na África do Sul, o Honda RA273 sofreu uma série de problemas mecânicos. O carro foi substituído pelo Honda RA300 para o Grande Prémio de Itália, onde Surtees passou Jack Brabham para levar a segunda vitória da Honda na F1 por 0,2 segundos. Surtees terminou em quarto lugar no Campeonato de Pilotos de 1967.
Em 1970, Surtees formou a sua própria equipa de corridas, a Surtees Racing Organisation, e passou nove temporadas a competir na Fórmula 5000, Fórmula 2 e Fórmula 1 como construtor. Retirou-se da condução competitiva em 1972, no mesmo ano em que a equipa teve o seu maior sucesso, quando Mike Hailwood venceu o Campeonato da Europa de Fórmula 2. A equipa foi finalmente dissolvida no final de 1978.
Durante algum tempo, na década de 1970, Surtees geria uma loja de motos em Kent, e um concessionário de automóveis Honda em Edenbridge. Entertanto, e já com mais de 40 anos, continuou o seu envolvimento no motociclismo, participando em eventos clássicos com motos vintage do seu estábulo de máquinas de corrida. Também permaneceu envolvido em corridas de monolugares e foi manager da A1 Team Britain, na série de corridas de Grande Prémio A1 de 2005 a 2007.
O seu filho, Henry Surtees, competiu na Fórmula 2, Fórmula Renault UK e no campeonato de Fórmula BMW UK para a Carlin Motorsport, antes de morrer tragicamente enquanto corria no campeonato de Fórmula 2 em Brands Hatch em 19 de Julho de 2009, atingido por uma roda de outro carro. Em 2010, Surtees fundou a Fundação Henry Surtees em memória do seu filho, como uma organização de caridade para ajudar as vítimas de lesões cerebrais acidentais e promover a segurança na condução e no automobilismo. Foi em parte devido a esse acidente que os Formula 1 adotaram a atual barra de proteção central.
Em 1996, Surtees foi inscrito no International Motorsports Hall of Fame. A FIM honrou-o como uma lenda de Grande Prémio em 2003. Já membro da Ordem do Império Britânico (MBE), foi nomeado Oficial da Ordem do Império Britânico (OBE) nas Honras de Aniversário de 2008 e Comandante da Ordem do Império Britânico (CBE) nas Honras de Ano Novo de 2016 pelos serviços prestados ao automobilismo.
Em 2013 foi-lhe atribuído o Troféu Segrave de 2012 em reconhecimento de vários campeonatos mundiais, e em 2015, o grau honorário de Doutor em Engenharia pela Universidade de Oxford Brookes.
Surtees casou-se três vezes, e teve três filhos, Leonora, Edwina e Henry.
A 10 de Março de 2017 Surtees morreu de insuficiência respiratória aos 83 anos, ironicamente, 14 anos ao dia em que Barry Sheene, outro grande nome das duas rodas também se foi…
Fica na história como o único a vencer o Mundial de 500 em duas rodas (quatro vezes!) e depois na Formula 1, em 1964, nada menos que para a Ferrari.
